WinRHIZO Basic – наиболее дешевая и простая версия программы. Данная версия программы позволяет производить только самые общие измерения: средний диаметр корней, суммарная длина корневой системы, суммарная площадь корневой системы, суммарный объем и общее количество корневых кончиков.
WinRHIZO Regular — имеет все те же функции, что и версия программы WinRHIZO Basic, и, кроме того, позволяет производить общий анализ морфологии корневой системы. Анализ морфологии корневой системы изображается в виде функциональной зависимости от калибра/класса корней, согласно предварительно заданной пользователем классификации. Калибровка, или классификация, корней производится в зависимости от их диаметра. Количество калибров/классов, и спектр диаметральных размеров входящих в тот или иной класс, задается пользователем. Программа автоматически строит диаграммы распределения, на которых отображается зависимость длины, площади и объема корней от диаметра (от принадлежности к тому или иному размерному классу/калибру). Данные диаграммы распределения отображаются в верхней части рабочего окна программы. При необходимости, данные диаграммы могут быть выведены на печать отдельно.
WinRHIZO Pro — имеет все те же функции, что и версия программы WinRHIZO Regular, и, кроме того, позволяет производить: анализ связей между узлами корневой системы, анализ топологии, архитектуры корня и цветовой анализ. При цветовом анализе, параметры морфологии корня выражаются в виде функциональной зависимости от принадлежности к тому или иному цветовому классу. Количество и ширина классов определяются пользователем. Кроме того, программа позволяет учитывать площадь образца, окрашенную в тот или иной цвет.
WinRHIZO Arabidopsis — имеет все те же функции, что и версия программы WinRHIZO Pro, и, кроме того, данная версия программы умеет распознавать и раздельно анализировать различные объекты, такие как: проростки, листья, корни и т.д. Данная версия программы может распознавать и раздельно анализировать несколько корневых систем одновременно.